Universitas Billfath merupakan Perguruan Tinggi Swasta (PTS) yang diselenggarakan oleh Yayasan Pondok Pesantren Al Fattah (YPPF) Siman, Lamongan, atas prakarsa Drs. KH. Abdul Madjid Fattah. Secara hukum, YPPF Siman Lamongan resmi berbadan hukum melalui Akta Notaris Habib Adjie, S.H., M.H. Nomor 27/HBA/NOT-PPAT/VII/2010 tertanggal 16 Juli 2010, dan disahkan oleh Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia (KEMENKUMHAM) RI di Jakarta pada 2 Agustus 2010.

Pada tanggal 23 September 2016, Universitas Billfath resmi berdiri berdasarkan Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi (Menristekdikti) RI Nomor 426/KPT/I/2016. Pada awal pendiriannya, universitas ini menyelenggarakan 10 Program Studi untuk Program Sarjana (S1) yang bernaung di bawah 4 fakultas, yaitu Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Fakultas Teknik, serta Fakultas Hukum.

Perkembangan signifikan terjadi pada tahun 2023 ketika Kementerian Agama RI menerbitkan SK mengenai Penggabungan Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Al-Fattah ke dalam Universitas Billfath menjadi Fakultas Agama Islam. Integrasi ini memperluas kapasitas akademik universitas, sehingga secara resmi menambah jumlah layanan menjadi 5 Fakultas dengan 12 Program Studi untuk Program Sarjana (S1).

Akselerasi institusi berlanjut pada awal tahun 2026 melalui ekspansi ke jenjang pendidikan tingkat lanjut. Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 40 Tahun 2026 tertanggal 20 Januari 2026, Universitas Billfath mendapatkan izin operasional untuk menyelenggarakan Program Pascasarjana dengan Program Studi Pendidikan Agama Islam untuk Program Magister (S2 PAI).

Guna mewujudkan tata kelola kelembagaan yang lebih efisien dan efektif, Universitas Billfath di bawah kepemimpinan Rektor Prof. Dr. H. Nur Ahid, M.Ag. melakukan restrukturisasi organisasi. Melalui Keputusan Rektor Nomor: 018/071093/SK/REKTOR/V/2026 tertanggal 4 Mei 2026, Fakultas Teknik (FT) resmi digabungkan dengan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) menjadi Fakultas Sains & Teknologi (FST).

Melalui rangkaian transformasi historis tersebut, Universitas Billfath saat ini secara resmi mengelola 1 Program Pascasarjana (S2 Pendidikan Agama Islam) serta 4 Fakultas untuk Program Sarjana, yang meliputi Fakultas Agama Islam (FAI), Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), Fakultas Hukum (FH), dan Fakultas Sains & Teknologi (FST). Seluruh dinamika perkembangan ini berjalan selaras dengan komitmen peningkatan mutu akademik serta perluasan infrastruktur fisik, baik di Kampus Utama Kompleks Pondok Pesantren Al-Fattah Siman maupun pembangunan Kampus 2 di Pucuk, Lamongan.